Небольшое рыболовецкое судно из Италии находится на промысле в Средиземном море, когда члены его команды обнаруживают в воде тело мужчины. Несмотря на два пулевых ранения, он оказывается еще жив и приходит в себя.

Однако оказывается, что незнакомец абсолютно ничего не помнит о себе, и о том, что с ним, на самом деле, произошло. Выясняется только, что он разговаривает на нескольких языках и обладает хорошей физической и боевой подготовкой. Кроме того, в бедре мужчины обнаруживается имплантированный чип с микрофильмом, на котором помечен номер счета в швейцарском банке.

Отправившись в Цюрих, герой получает деньги с этого счета и узнает, что его зовут Джейсон Борн. Однако он даже не уверен, настоящее ли это имя или нет. В попытке восстановить события прошлого, он отправляется по найденному адресу в Париж, где выясняется, что за ним охотятся убийцы. Вместе с немецкой студенткой Мэри, герой оказывается втянутым в череду опасных ситуаций, и лишь вспомнив прошлое, он сможет найти выход.