На этот раз начало новой апокалиптической войны спровоцировали легионы неведомых чудовищ, поднявшихся из темных океанских глубин. Этих монстров подводного мира окрестили Кайдзу, и были они настолько гигантскими, что буквально сметали все на своем пути. Человеку просто невозможно было противостоять им.

За считанные месяцы человеческая популяция уменьшилась до критических размеров, и если что-то срочно не предпринять, на Земле из живых останутся только эти пришельцы-годзиллы. В отчаянной попытке оказать им отпор, ученые создают новое оружие – роботов Джегеров. Эти громадные механические создания управляются двумя операторами-пилотами, сознание которых соединено общей нейронной цепочкой – для осуществления связи между ними.

Джегеры оказались довольно эффективными, но слишком много пилотов погибло и слишком много кибер-роботов было разрушено. Осталась единственная и давно устаревшая модель Джегера, но управлять ею было некому. Разве что согласится один сомнительный герой, бывший пилот Стакер…